電子帳簿保存法への対応手順4つ・対象書類・ソフト【完全版】

電子帳簿保存法への対応を進めたいけれど、具体的な手順がわからず不安を感じているという方は多いのではないでしょうか。この機会に手間をかけず、経理のペーパーレス化を一気に進めたいと考えるのも自然なことです。

こうした疑問にお答えします。

電子帳簿保存法に対応を完了させるためには、まず対象書類の分類を正確に把握することが欠かせません。そのうえで、自社に最適なクラウドシステムを導入することが最短の近道といえます。

2026年現在の最新要件に基づいた運用フローを構築すれば、法令遵守だけでなく業務効率の大幅な向上も期待できるでしょう。まずは本記事を読み、確実な対応ステップを確認してください。

電子帳簿保存法への対応に必要な基礎知識

2026年現在、地方銀行のDXなども含め社会全体でデジタル化が進む中、電子帳簿保存法対応はすべての事業者にとって無視できない重要課題です。この法律は税務関係の帳簿や書類をデジタルデータで保存する際のルールを定めています。かつては紙保存が原則でしたが、DXの進展により現在は電子取引データの保存が完全に義務化されました。

法制度の全体像を把握することが、確実な対応への第一歩となります。ここでは法対応の土台となる基礎知識について詳しく解説します。

あわせて読みたい

フィンテックとは？意味や身近な例を簡単解説【2026年最新】

フィンテックとは何かを簡単に知りたい方へ、意味と大手企業のニュース、IT導入メリットを解説し、最新金融トレンドの知識を今後の実務に活かせます。

電子帳簿とは

電子帳簿とはPCや会計ソフトを使い、デジタル形式で作成された国税関係帳簿を指します。ノートや伝票への手書きではなく、システム上で一貫して管理される帳簿が該当します。

電子帳簿として扱われる主な書類は以下の通りです。

• 仕訳帳
• 総勘定元帳
• 現預金出納帳
• 固定資産台帳
• 決算関係書類（貸借対照表・損益計算書）

電子帳簿保存法ではデータのまま保存することが認められる反面、真実性の確保と可視性の確保という2つの要件を満たす必要があります。2026年時点では要件を満たす電子帳簿保存法対応ソフトも多く登場しており、自社の運用に合わせて選定することが効率的な対策となります。

制度の適用時期

信用金庫のDXなど金融機関の対応も進む中、電子帳簿保存法いつから義務化されたのか、その転換点は2024年1月1日でした。この日をもって電子取引データの保存義務化に関する猶予期間が終了し、完全義務化がスタートしています。

制度の適用時期と内容の変遷は以下の表の通りです。

現在は完全義務化の期間内のため、メールなどで受領した領収書を紙に印刷して保存するだけの運用は認められません。電子帳簿保存法わかりやすく理解するなら、電子で届いたものは電子のまま残すのが基本です。

対象となる企業

電子帳簿保存法の対象は、規模を問わず国税関係帳簿書類の保存義務があるすべての事業者です。大規模法人だけでなく中小企業や個人事業主も含まれます。

対象となる条件を整理すると、次のようになります。

• 法人税を納税しているすべての法人（NPO法人や一般社団法人を含む）
• 所得税を納めている個人事業主（青色申告・白色申告を問わない）

小規模な事業だからといって電子帳簿保存法対象外になることはありません。AmazonなどのECサイトで備品を購入したり、メールでPDFの請求書を受け取ったりする場合、そのデータは法に基づき保存する必要があります。

未対応によるリスク

法的要件を満たさずに放置した場合、企業や個人事業主は深刻な税務リスクを負います（これらは金融業界の課題としても認識されています）。この法律は義務であるため、電子帳簿保存法導入しない場合は厳しい罰則が想定されます。

主なリスクとして、以下の点が挙げられます。

• 青色申告承認の取消し：要件不備により税制上の優遇措置が受けられなくなる恐れがあります。
• 追徴課税の賦課：データの改ざんなどが発覚した場合、重加算税がさらに10%加算されます。
• 推計課税の適用：帳簿が正しく保存されていないと、税務署が売上を推計して税額を決定する場合があります。

2026年の税務調査では、電子データの保存状態が厳格にチェックされる傾向にあります。

実際の違反事例

2024年の完全義務化以降、具体的な電子帳簿保存法違反事例が見えてきました。注意喚起として共有されている不適切な運用の典型例を紹介します。

1. 保存要件の不備：取引年月日や取引先で検索できる状態になっておらず、税務調査時に書類を提示できなかった事例。
2. 事務処理規程の未整備：タイムスタンプがないシステムを利用し、かつ改ざん防止の規程も定めていなかった事例。
3. 一部データの廃棄：紙の請求書のみを保管し、メールで届いた原本データを削除してしまった事例。

これらの事例からわかる通り、単にデータを消さないだけでなく法律が求める形式で保存することが重要です。電子取引の対象書類を正しく分類し、万が一の調査時に説明できる社内体制を整えましょう。

あわせて読みたい

金融機関のクラウド導入手順・ガイドラインと課題【徹底解説】

金融機関のクラウド導入に伴う勘定系システム移行やセキュリティ不安を解消し、金融庁ガイドラインに準拠してコスト削減を実現する手順を解説します。

電子帳簿保存法への対応で注意すべき対象書類の違い

電子帳簿保存法対応を進めるうえでは、書類ごとに保存方法が異なる点を理解しておく必要があります。本制度は「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3区分で構成されており、自社の書類がどの区分に該当するかを正確に判別することが法令遵守の第一歩です。

なかでも電子取引データ保存は、2024年1月の完全義務化以降、すべての事業者が対応必須の区分となっています。

各保存区分の概要と対象書類の違いを以下の表にまとめました。

電子帳簿等保存に該当する書類

電子帳簿とは、会計ソフトなどで最初からデジタルデータとして作成した帳簿や書類を指します。電子帳簿等保存は、これらをデータのまま保存する制度です。

この区分に該当するのは、自社が一貫してコンピュータを用いて作成した書類です。具体的には、次のようなものが含まれます。

• 国税関係帳簿（仕訳帳、総勘定元帳、現金出納帳、固定資産台帳など）
• 決算関係書類（貸借対照表、損益計算書など）
• 自社がコンピュータで作成して相手方に発行した書類の写し

電子帳簿等保存の対象は手書きの帳簿を除く点に注意が必要です。実務上は、会計ソフトなどの電子帳簿保存法対応ソフトを利用してこの要件を満たすケースが主流となっています。

スキャナ保存が認められる書類

スキャナ保存とは、取引先から紙で受け取った領収書や請求書を、スキャナやスマートフォンで読み取って画像データとして保存する制度です。自社が紙で発行した書類の控えも含まれます。

スキャナ保存の対象となる主な書類には、次のようなものがあります。

• 取引先から紙で受領した領収書、請求書、契約書、納品書
• 自社が紙で発行した書類の控え

本制度の導入は任意ですが、適切に運用すれば紙の原本を破棄できるようになります。ペーパーレス化による保管コスト削減や業務効率化を目指す場合に有効です。

電子取引データ保存が必須の書類

電子取引データ保存は、メールやWebサイトを通じて電子的にやり取りした取引情報をデータのまま保存する制度です。2026年現在はすべての法人が義務として対応しなければなりません。

対象となる具体的なケースには、次のようなものが挙げられます。

• メールに添付されたPDF形式の請求書や領収書（売掛金管理にも直結します）
• ECサイトからダウンロードした領収書
• 電子契約サービスを利用した契約書
• Web上の専用画面から取得した利用明細

電子取引データを保存する際は、日付・金額・取引先で検索できる可視性の確保が必要です。適切に対応しない場合は、青色申告の承認取り消しといった重大なリスクにつながるため注意しましょう。

あわせて読みたい

ファクタリングとは？仕組みやメリット・注意点を解説【図解】

資金繰りに悩む方へ、ファクタリングとは何か、英語のFactoringの意味や仕組みを解説し、最短即日の安全な資金調達で支払い危機の回避を支援します。

制度の対象外となる書類

電子帳簿保存法は、すべての書類が対象となるわけではありません。対象外となるパターンを事前に把握しておくことが大切です。

具体的に対象外となるのは以下の書類です。

• 手書きで作成された帳簿
• 取引に関係のない一般的なビジネスメール
• 棚卸表や事業計画書などの内部書類

紙で受け取った書類をそのまま紙で保存する行為は、電子取引データ保存の義務には抵触しません。整理すると、電子で受け取ったものは電子のまま保存するというのが本制度の基本原則です。

あわせて読みたい

組み込み型金融とは？4つの導入メリットや成功事例を徹底解説

組み込み型金融の導入に悩む企業へ、エンベデッドファイナンスの事例をわかりやすく解説し、UX向上やLTV最大化で収益源を確保する具体策を示します。

電子帳簿保存法への対応に向けた準備手順

ここまでの基礎知識を踏まえ、実際に電子帳簿保存法へ対応するための具体的な準備手順を解説します。すでに義務化されている電子取引データ保存を中心に、無理のない体制構築を進めることが重要です。

保存区分ごとの実施義務を改めて整理すると、次のようになります。

• 電子帳簿等保存：自社が電子的に作成した帳簿・決算書類の保存（任意）
• スキャナ保存：紙の書類をスキャンして電子データ化する保存（任意）
• 電子取引データ保存：メールやクラウド経由で受領したデータの保存（義務）

現在は猶予期間が終了しているため、電子的な領収書を紙で保存することは原則不可です。法的な信頼性を確保しつつ、ペーパーレス化を推進する手順を解説します。

① 現状の経理業務を可視化する

電子帳簿保存法対応の第一歩は、社内の取引状況を可視化することです。どの取引が電子取引に該当するかを把握しなければ、データの保存漏れが発生します。

取引の洗い出しは、次の手順で進めるとスムーズです。

• メール添付のPDF形式の請求書や領収書の有無
• ECサイトや公共料金マイページからの利用明細ダウンロード状況
• 電子契約サービスを利用した契約締結の有無
• 従業員の立替精算におけるキャッシュレス決済の利用状況

現状の取引形態を下表のように整理すると、電子帳簿保存法対応ソフトの導入判断も容易になります。

自社の業務フローにある電子取引をリストアップしましょう。真実性の確保と可視性の確保という基準を満たしているか確認してください。

② 事務処理規程を作成する

次に事務処理規程を作成します。これは改ざん防止という要件を満たすため、最もコストを抑えて即座に実施できる方法です。

真実性の確保という要件を満たすには、次のいずれかの対応が必要です。

1. タイムスタンプが付与されたデータを受領する
2. 受領後速やかにタイムスタンプを付与する
3. 訂正削除履歴が残るシステムを利用する
4. 不当な訂正削除を防止する事務処理規程を運用する

専用システムがない場合は、4番目の事務処理規程の作成が一般的です。規程には対象書類の範囲や管理責任者、訂正削除の承認フローを明記します。

規程を整備すれば、既存のサーバーやクラウドストレージを法対応の保存先として活用できます。

あわせて読みたい

債権管理システムの比較・選び方と5つの導入手順【クラウド】

入金消込に悩む経理担当者へ、債権管理システムの機能やクラウド比較を解説し、導入による属人化解消や業務効率化とキャッシュフロー改善へ導きます。

③ 既存の表計算ソフトで運用を試す

可視性の確保を満たすため、まずはExcel等の表計算ソフトで運用を試行しましょう。入金消込の自動化などと同様に、専用ソフト導入前に検索要件の運用を内製化できるか検証するためです。

データ保存には日付、金額、取引先の3項目で検索できる状態にする義務があります。表計算ソフトで管理台帳を作成する際は、次のステップで進めます。

1. ファイル名に規則性を付ける（例：20260401_株式会社A_11000.pdf）
2. 表計算ソフトに日付、金額、取引先を記録する
3. 管理行とファイルを紐づけて保存する

管理台帳のイメージは、次の表のようになります。

取引件数が多い場合は、手入力ミスや工数増大が課題となりやすい点に注意しましょう。負荷が高いと感じたら、早めにソフトへの切り替えを検討してください。

④ 社内に新しいルールを定着させる

最後の手順は、策定した運用ルールを社内に定着させることです。経理部門だけでなく、外部とやり取りする営業や事務担当者全員が当事者となります。

ルールを定着させるには、次のような取り組みが効果的です。

• 全社説明会の実施と法改正背景の周知
• ファイル命名規則などをまとめたマニュアルの配布
• 事務処理規程通りに運用されているかの定期的な内部監査や、与信管理のシステムなどとの連携確認

2026年現在はインボイス制度との兼ね合いも非常に重要です。保存データがインボイスの要件を満たしているか確認するフローも構築しましょう。

電子帳簿保存法対象外と誤認せず、適切に対応することで検索性が向上します。保管コストを削減し、業務のDXを前進させていきましょう。

電子帳簿保存法に対応するソフトの導入ポイント

ここまで解説した保存要件を満たすには、自社に合ったソフトの選定が欠かせません。電子取引データの保存義務化が進むなか、ソフトの選び方一つで運用効率と法令遵守の精度は大きく変わります。

電子帳簿保存法に対応するソフトを選ぶ際は、3つの区分における保存要件を自社がどこまでカバーすべきか明確にしましょう。

• 電子帳簿等保存（会計帳簿のデータ保存）
• スキャナ保存（紙の領収書等のスキャン保存）
• 電子取引（メールやシステムで受領したデータの保存）

効率的かつ法令を遵守した体制を構築するため、選定時に重視すべき4つのポイントを詳しく解説します。

予算に合う料金体系か確認する

初期費用だけでなく、7年から10年にわたる長期的な運用コストを算定することが不可欠です。電子帳簿保存法では国税関係書類を原則7年間保存する義務があり、その期間はコストが発生し続けます。

単発の購入費用だけでなく、銀行の業務効率化事例などのように、ランニングコストが経営を圧迫しないか見極める必要があります。一般的な料金体系を比較すると、次の表のようになります。

選定時には、次の項目をチェックリストとして確認しておくとよいでしょう。

• 基本料金に電子帳簿保存法対応機能が含まれているか
• 保存するデータ量が増えた際に追加料金が発生するか
• 法令改正に伴うシステムアップデートが無料で行われるか

2026年時点では、多くのクラウドソフトが法令改正に自動対応していますが、オプション費用として計上されるケースもあります。長期的な総コストを試算し、自社の予算規模に最適なプランを選択しましょう。

既存システムと連携できるか確認する

既存の会計ソフトや販売管理システム、あるいは金融向けCRMなどとスムーズに連携できるソフトを選ぶべきです。システムが独立しているとデータの二重入力が発生し、業務効率が著しく低下します。

電子帳簿保存法では取引年月日や金額、取引先による検索要件を満たす必要があります。システム連携ができれば、これらの情報を自動で引き継ぐことが可能です。

• API連携（オープンAPIを通じて銀行などと繋ぐのと同様）：システム同士が直接つながり、リアルタイムでデータを同期する
• CSV連携：一方のシステムから書き出したデータを、もう一方にインポートする
• インテグレーション：特定の会計ソフト専用のプラグインや拡張機能を利用する

API連携に対応していれば、請求書発行ソフトで作成したデータが自動的に保存用のストレージに格納されるといった自動化が実現します。導入前に、現在利用しているソフトとの公式連携があるかを確認し、手作業を最小限に抑える構成を目指しましょう。

あわせて読みたい

勘定系システムとは？意味・構成・情報系との違い【図解入門】

勘定系システムとは何かを知りたい方へ、英語表現やシステム構成、決済系システムとの違いを解説し、専門知識の習得でご自身の市場価値を高めます。

直感的に操作できるか確認する

現場の担当者が迷わずに操作できる直感的なUIを備えていることが重要です。操作が複雑だと入力ミスや保存漏れが発生し、電子帳簿保存法の要件を満たせなくなるリスクがあります。

特にスキャナ保存や電子取引の保存は日常的に発生する作業であるため、誰でも簡単に扱える必要があります。日常的に発生する操作としては、次のような項目が挙げられます。

• 受領した電子ファイルのドラッグ＆ドロップによるアップロード
• 金融での生成AI応用にも通じるAI OCR（光学文字認識）による取引情報の自動読み取り
• 税務調査時に求められる日付範囲や金額範囲などの詳細な検索
• 承認ワークフローによる上長の確認作業

専門用語ばかりが並んでいるソフトではなく、アイコンやガイドが充実したソフトを選ぶことで、社内の教育コストも抑制できます。無料トライアル期間を活用し、実際の業務フローを再現して操作感を試すことが推奨されます。

第三者認証を取得しているか確認する

高い信頼性を確保するために、第三者機関による認証を取得しているソフトを選定してください。電子帳簿保存法には国税庁公認という制度は存在しませんが、民間団体による認証がその代わりを果たしています。

第三者認証を得ているソフトは、法令の要件を技術的に満たしていることが客観的に証明されているため、安心して導入できます。確認しておきたい認証・指標としては、次のものが挙げられます。

• JIIMA認証（日本文書情報マネジメント協会）：電子帳簿保存法の要件適合を認定する代表的な認証
• ISO/IEC 27001（ISMS）：情報セキュリティ管理が適切に行われていることを示す国際規格
• IT導入補助金対象ツール：公的な支援事業の対象として登録されているか

JIIMA認証を取得しているソフトであれば、機能が法令に準拠しているか細かく精査する手間を省けます。法適合性だけでなくセキュリティ面での認証も併せて確認し、情報漏洩などのリスクからも自社を守りましょう。

あわせて読みたい

請求代行サービス比較10選・選び方と手数料相場【2024最新】

請求業務の負担に悩む企業へ、手数料で請求代行のサービスを比較し個人事業主や会社向けに解説しており、導入で未回収を防ぎコア業務に集中できます。

まとめ：電子帳簿保存法への対応は現状把握とソフト導入から始めよう

本記事では、電子帳簿保存法対応に必要な基礎知識から、対象書類の分類、具体的な準備手順、そしてソフト選定のポイントまでを解説しました。

法要件を満たすだけでなく、業務フローそのものを最適化することが適法運用への近道です。電子取引データの保存がいつから義務化されたのかを正しく理解し、自社に合った仕組みを整えていきましょう。

電子帳簿保存法対応を機にペーパーレス化を推進すれば、コスト削減や生産性向上という大きなメリットを享受できます。法令遵守の不安を解消し、スムーズな運用体制を構築しましょう。

具体的なシステム選定にお悩みの方や、自社のフローに合わせた詳細なアドバイスを希望される方はお気軽にご相談ください。最新の法制度に基づいた最適なソリューションを提案いたします。

電子帳簿保存法への対応に関するよくある質問